Vakfın tesislerinde güvenliği sağlar. Silahlı Muhafızlar, Güvenlik Görevlileri ve Mobil Görev Güçleri (MTF) bu departmana bağlıdır. Görevleri; kaçış girişimlerini engellemek, personel ve tesis güvenliğini korumaktır.
Anomalilerin doğasını anlamak, sınıflandırmak ve etkilerini incelemekle yükümlüdür. Bilim insanları, uzmanlar ve analistler bu departman altında çalışır. Araştırmalar sonucunda anomaliler için güvenli muhafaza yöntemleri geliştirilir.
SCP odalarının tasarımı, otomatik sistemler, elektronik güvenlik önlemleri ve altyapı yönetimi bu departmanın sorumluluğundadır. Araştırmacıların ve güvenlik birimlerinin kullandığı ekipmanları üretir ve bakımını yapar.
Vakfın uygulamalarını ve deneylerini denetleyen, etik dışı uygulamaların önüne geçmeyi amaçlayan kurul. Her ne kadar "etik" görünse de, sınırları genellikle bulanıktır; insan hakları ile operasyonel zorunluluklar arasında denge kurmaya çalışır.
Vakfın personeline sağlık hizmeti sunar, anomalilerin biyolojik etkilerini analiz eder ve tıbbi araştırmalar yürütür. Ayrıca anomalilerle ilgili yaralanmaların tedavisinde uzmanlaşmıştır.