Bilimsel Departman, SCP Vakfı'nın bilim ve araştırma odaklı bir departmanıdır. Bu departmanın görevi, vakıf tarafından tespit edilen anomalileri ve nesne sınıflarını araştırmak, incelemek ve anlamaya çalışmaktır. Bu departman, vakfın diğer departmanları ile işbirliği yaparak, anomalilerin etkilerini anlamaya ve kontrol altına almaya çalışır. Departmanın personeli genellikle bilim adamları, araştırmacılar ve bilim adamı olmayan ancak anomalilerle ilgili çalışmalar yapmayı seven kişilerden oluşur. Bilimsel Departman, vakfın diğer departmanları ile ilişkili olarak çalışır ve bu departmanın çalışmaları, vakfın diğer departmanlarının çalışmalarına da etki eder.