Tıbbi Departman, SCP Vakfı içerisinde yer alan önemli bir departmandır ve vakfın sağlık hizmetlerini yürütmekle görevlidir. Bu departmanın öncelikli hedefi, vakfın personellerinin sağlık durumlarını kontrol etmek ve bu personellerin fiziksel ve psikolojik sağlıklarını iyileştirmektir. Bu departman ayrıca, vakfın içerisinde bulunan ve anormal etkilerden etkilenmiş personeller için de sağlık hizmetlerini yönetir. SCP'lerin bazıları zararlı olabilir ve vakfın personeli tarafından sık sık manevi ve fiziksel olarak zarar görebilirler. Bu nedenle, Tıbbi Departman bu SCP'lerle çalışan personelin sağlık durumlarını sürekli olarak takip eder ve gerektiğinde müdahale eder. Aynı zamanda Medikal Departman, SCP'lerin sağlık durumlarını da takip eder ve bu SCP'lerin sağlık sorunlarına çözüm bulmak için çalışır. Bu noktada, Medikal Departman vakıf içerisinde bulunan diğer birimlerle (özellikle Bilimsel Departman ile) sıkı sıkıya çalışır.